Les travaux du professeur Pibarot ont permis de développer de nouvelles approches pour améliorer le diagnostic, la prévention et le traitement des maladies valvulaires cardiaques. Il a notamment mis au point une façon de mettre en place une prothèse valvulaire par cathéter, ce qui évite d'avoir à ouvrir la cage thoracique des patients. Il a publié plus de 400 articles dans des revues scientifiques et il a présenté plus de 400 communications dans des congrès et colloques.
Au fil de ses recherches, le professeur Pibarot a établi un rapprochement entre le mauvais fonctionnement des valvules du coeur et de mauvaises habitudes de vie, dont le manque d'exercice physique. Il est lui-même un ambassadeur d'un mode de vie actif puisqu'il pratique assidûment l'escalade sur des parois glacées ainsi que l'alpinisme.