12 mars 2008
Wiki fait des petits
Une équipe de la Faculté de médecine contribue à la création de la plus grande banque de données en ligne sur les protéines humaines
Par : Jean Hamann
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La philosophie de partage et de diffusion en ligne de l'information préconisée par l'encyclopédie en ligne Wikipedia fait des petits dans le monde scientifique. En effet, un groupe d'environ 150 chercheurs provenant de 82 laboratoires à travers le monde annonce, dans la dernière édition de Nature Biotechnology, la mise sur pied de Human Proteinpedia (www.humanproteinpedia.org), la plus importante banque de données sur les protéines humaines jamais créée. La banque contient déjà des renseignements sur plus de 15 000 protéines exprimées dans les différents tissus du corps humain. «Cette mise en commun de l'information va sûrement avoir un impact positif sur la progression de la recherche dans le domaine des protéines humaines», estime l'un des signataires de l'article, Guy Poirier, professeur à la Faculté de médecine.
Tout comme Wikipedia, Human Proteinpedia dépend de l'information versée gratuitement par ses collaborateurs pour l'élaboration de son contenu. Les contributeurs doivent toutefois s'identifier clairement et apporter des preuves scientifiques en appui à toute addition à la banque. Guy Poirier et ses collègues Arnaud Droit et Pierre Gagné ont contribué au projet en fournissant des données sur plus de 400 protéines du sérum humain et sur plus d'une cinquantaine de protéines associées à PARP-1, une protéine qui intervient dans la réparation de l'ADN et à laquelle le professeur Poirier a consacré de nombreux travaux. «Nous avons l'intention de continuer à rendre nos données accessibles sur Human Proteinpedia au fur et à mesure que nous en obtiendrons», ajoute le chercheur, qui croit fermement aux mérites de la formule. «Grâce à cette banque de données, on peut obtenir de l'information pour programmer nos expériences plutôt que de faire des manipulations à l'aveugle. En plus, c'est une banque de données facilement accessible que les chercheurs peuvent consulter pour vérifier une information ou tester des idées.»
Il existait déjà d'autres banques de données sur les protéines, mais celle-ci diffère par son envergure, par le type de données acceptées et par la façon très simple de les intégrer à l’ensemble. Les renseignements sont conservés en 3 copies sur 16 serveurs à travers le monde. La banque de données contient notamment près de 4,6 millions de spectres de masse sur les protéines humaines. «Les spectrographes de masse coûtent au minimum 600 000 $, de sorte qu'ils ne sont pas à la portée de tous les chercheurs. C'est un “sport” qui coûte cher alors aussi bien mettre les données en commun», souligne le professeur Poirier, qui vient d’ailleurs de faire l’acquisition de deux spectromètres d’une valeur totale de plus de 2 M$ grâce à une subvention FCI/Québec.
Human Proteinpedia risque de s'avérer un précieux outil pour les chercheurs engagés dans le projet de décodage du protéome humain. «Le corps humain comporte environ 20 000 protéines et, dans chaque tissu, on en connaît à peine 10 à 20 %. Leur expression varie beaucoup d'un tissu à l'autre et, en plus, une même protéine peut exister sous plusieurs formes. Il nous reste donc encore beaucoup de travail à faire», résume le titulaire de la Chaire de recherche du Canada en protéomique.
Tout comme Wikipedia, Human Proteinpedia dépend de l'information versée gratuitement par ses collaborateurs pour l'élaboration de son contenu. Les contributeurs doivent toutefois s'identifier clairement et apporter des preuves scientifiques en appui à toute addition à la banque. Guy Poirier et ses collègues Arnaud Droit et Pierre Gagné ont contribué au projet en fournissant des données sur plus de 400 protéines du sérum humain et sur plus d'une cinquantaine de protéines associées à PARP-1, une protéine qui intervient dans la réparation de l'ADN et à laquelle le professeur Poirier a consacré de nombreux travaux. «Nous avons l'intention de continuer à rendre nos données accessibles sur Human Proteinpedia au fur et à mesure que nous en obtiendrons», ajoute le chercheur, qui croit fermement aux mérites de la formule. «Grâce à cette banque de données, on peut obtenir de l'information pour programmer nos expériences plutôt que de faire des manipulations à l'aveugle. En plus, c'est une banque de données facilement accessible que les chercheurs peuvent consulter pour vérifier une information ou tester des idées.»
Il existait déjà d'autres banques de données sur les protéines, mais celle-ci diffère par son envergure, par le type de données acceptées et par la façon très simple de les intégrer à l’ensemble. Les renseignements sont conservés en 3 copies sur 16 serveurs à travers le monde. La banque de données contient notamment près de 4,6 millions de spectres de masse sur les protéines humaines. «Les spectrographes de masse coûtent au minimum 600 000 $, de sorte qu'ils ne sont pas à la portée de tous les chercheurs. C'est un “sport” qui coûte cher alors aussi bien mettre les données en commun», souligne le professeur Poirier, qui vient d’ailleurs de faire l’acquisition de deux spectromètres d’une valeur totale de plus de 2 M$ grâce à une subvention FCI/Québec.
Human Proteinpedia risque de s'avérer un précieux outil pour les chercheurs engagés dans le projet de décodage du protéome humain. «Le corps humain comporte environ 20 000 protéines et, dans chaque tissu, on en connaît à peine 10 à 20 %. Leur expression varie beaucoup d'un tissu à l'autre et, en plus, une même protéine peut exister sous plusieurs formes. Il nous reste donc encore beaucoup de travail à faire», résume le titulaire de la Chaire de recherche du Canada en protéomique.
