11 février. Les nageurs du Rouge et Or remportent les bannières de champion masculin et de champion féminin du Québec.
25 février. L’équipe masculine remporte le championnat provincial de volleyball.
4 mars. Premier titre canadien de son histoire pour l’équipe féminine de volleyball.
4 mars. Un dixième championnat provincial pour l'équipe féminine de basketball.
17 mars. Inauguration d’une infrastructure de 6 M $ pour la recherche multidisciplinaire sur l’obésité au Centre de recherche de l’Hôpital Laval.
19 mars. Le Rouge et Or remporte le Championnat provincial universitaire de badminton.
11 mai. Présentation officielle des projets d’agrandissement du Centre de recherche du CHUL/CHUQ au coût de 42 M $.
17 mai. Le Conseil d’administration adopte un budget de 412 M $ qui prévoit un déficit de 2,8 M $ pour 2006-2007.
26 mai. Inauguration du chantier d’agrandissement et de rénovation du pavillon Vandry qui nécessitera des investissements de 67 M $.
31 mai. La nouvelle loi interdisant l’usage du tabac à l’intérieur des édifices entre en vigueur sur le campus.
Juin. 15 000 personnes participent aux cérémonies de collation des grades sur le campus.
6 juin. L’Université se dote d’un nouveau plan de développement de la recherche qui accentue la multidisciplinarité.
Rentrée 2006. 38 093 personnes sont inscrites à l’Université, une baisse de 0,7 % par rapport à l’année dernière.
15 septembre. La Ligue universitaire d’improvisation fête ses 25 ans.
19 septembre. Le recteur Michel Pigeon annonce qu’il briguera un second mandat à la direction de l’Université.
27 septembre. La Commission d’examen des processus de gestion remet son rapport final.
29 septembre. Décès du cardinal Louis-Albert Vachon, recteur de l’Université de 1960 à 1972.
2 octobre. Les deux équipes de golf du Rouge et Or remportent le championnat provincial universitaire.
31 octobre. Un premier titre provincial pour l’équipe féminine de rugby.
7 novembre. Inauguration du Centre de recherche clinique et évaluative en oncologie construit au coût de 40 M $.
21 novembre. La direction de l’Université interrompt l'appel des propositions dans le dossier du Centre de formation et de recherche en alimentation. Le processus sera repris et une décision finale sera rendue le 16 mai 2007.
25 novembre. L’équipe de football de l’Université remporte la Coupe Vanier.
30 novembre. Jean-Claude Dufour annonce qu’il sera candidat au poste de recteur.