Recherche

Une technologie à parfaire

Même avec des appareils très sophistiqués, identifier une protéine est une opération plus incertaine qu’il n’y paraît

Par : Jean Hamann
Le chercheur Guy Poirier, à droite, en compagnie du chimiste Pierre Gagné qui supervisera les analyses effectuées à l'aide du nouveau spectromètre de masse d'une valeur de 2 M$.
Le chercheur Guy Poirier, à droite, en compagnie du chimiste Pierre Gagné qui supervisera les analyses effectuées à l'aide du nouveau spectromètre de masse d'une valeur de 2 M$.
Malgré toute la puissance des technologies moléculaires actuelles, un certain degré d’incertitude subsiste toujours dans l’identification de protéines inconnues. Un groupe de chercheurs, dont fait partie Guy Poirier de la Faculté de médecine, vient servir cette leçon d’humilité à la communauté scientifique dans un article paru le 18 mai dans la revue Nature Methods.
   
Les chercheurs ont invité trois fabricants de spectromètres de masse et 24 laboratoires universitaires reconnus pour leur expertise en matière de spectrométrie des protéines à participer à une expérience qui ne va pas sans rappeler les tests du magazine Protégez-vous. Ils leur ont fait parvenir des échantillons contenant 20 protéines humaines hautement purifiées en leur demandant d’identifier correctement de quelles protéines il s’agissait. À une époque où les techniques moléculaires permettent le séquençage du génome humain, on pourrait croire qu’il s’agit là d’un exercice de routine. Les résultats révèlent qu’il n’en est rien. Seulement 7 des 27 labos ont obtenu un score parfait. Les autres ont enregistré des résultats allant de moins reluisants à presque inquiétants. L’un d’eux — les auteurs de l’étude ne le nomment charitablement pas — n’a obtenu que 12 bonnes réponses. Un des fabricants — qui, pour sa part, aurait sans doute souhaité être nommé — a obtenu une note parfaite, alors que les deux autres ont décroché un 18 et un 15.
   
Les auteurs constatent toutefois que chaque laboratoire a obtenu des données de qualité suffisante pour procéder à une identification correcte de la plupart des protéines, mais que les choses se sont gâtées par la suite. Plusieurs erreurs sont attribuables à des divergences entre les banques de données consultées par les chercheurs pour établir l’identité des protéines ou encore aux algorithmes utilisés par leurs moteurs de recherche. «Les spectromètres, les bibliothèques de protéines et les moteurs de recherche ne sont pas parfaits de sorte qu’il y a toujours une possibilité d’erreur dans l’identification des protéines», résume Guy Poirier.
   
La pertinence de publier ces résultats a suscité quelques débats parce que certains chercheurs n’étaient pas exactement chauds à l’idée d’afficher publiquement les failles de la technologie, raconte Guy Poirier. «C’est important que l’étude sorte parce que ça nous rappelle que même si les appareils sont plus rapides et plus puissants qu’avant, nous pouvons encore améliorer la qualité de nos analyses.»  Selon le chercheur, il importe d’instaurer des lignes directrices rigoureuses pour assurer l’uniformité et la qualité des analyses protéomiques d’un laboratoire à un autre. «Une mesure d’incertitude accompagne toute identification de protéines, rappelle-t-il. Ainsi, si on analyse un même échantillon à l’aide de deux spectromètres de masse, les coûts grimpent, mais la probabilité qu’on identifie correctement la protéine augmente également.»
  
Le laboratoire du professeur Poirier – connu sous le nom de plate-forme protéomique de l’Est du Québec – comptera sous peu trois nouveaux spectromètres de masse. Le petit dernier, un engin de plus de trois tonnes acquis au coût de 2 M$ grâce à une subvention FCI, offre une résolution 150 fois plus grande que le meilleur appareil dont le laboratoire disposait jusqu’à maintenant. On s’affaire présentement à installer ce spectromètre au pavillon CHUL du Centre de recherche du CHUQ. Il faudra compter encore quelques mois d’ajustements avant que les premières analyses puissent être faites.

Université Laval

2325, rue de l'Université
Québec (Québec) G1V 0A6

Téléphone: 418 656-2131 1 877 785-2825

Demande d’information

Suivez nous!